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2022年11月30日，复旦大学中山医院生命科学学院基因工程国家重点实验室Chen Ding团队在《Nature Communications》上发表题为“Integrated proteomic and transcriptomic landscape of macrophages in mouse tissues”的文章，提供了不同组织中巨噬细胞群体的蛋白质组和转录组数据。

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巨噬细胞参与组织内稳态，对先天免疫反应至关重要，但不同组织中不同的巨噬细胞群体表现出不同的基因表达模式和生物过程。虽然已经报道了组织特异性巨噬细胞表观基因组和转录组谱，但不同巨噬细胞种群的蛋白质组仍然很不确定。巨噬细胞异质性的表观基因组和转录组学研究的新证据普遍证明了环境效应对组织驻留巨噬细胞特化的重要性。因此，有必要对巨噬细胞蛋白质组的异质性进行分析。

在这项研究中，作者使用质谱和bulk RNA测序分别评估了来自小鼠组织、骨髓来源的巨噬细胞和细胞系RAW264.7的10个原代巨噬细胞群体的蛋白质组和转录组模式。结果显示组织驻留和募集的巨噬细胞之间存在不同的蛋白质组学景观和蛋白质拷贝数。分层调控网络的构建发现巨噬细胞的细胞型特异性转录因子是单个巨噬细胞亚群的组织和功能特性的枢纽。最后，IL18被验证为区分肺和肝脏中组织驻留和募集巨噬细胞之间的分子特征和细胞功能特征所必需的。

综上所述，作者的研究提供了不同组织中巨噬细胞群体的蛋白质组和转录组数据。这一丰富的资源不仅揭示了不同巨噬细胞群体的功能多样性，还可以作为未来巨噬细胞生物学研究的起点，从而更好地了解全身巨噬细胞的免疫相关和非免疫相关功能。